노스캐롤라이나주(州) 뉴베른의 약사였던 캘러브 D. 브래덤이 1898년 자신이 만든 음료에 펩시콜라라는 이름을 붙였으며, 1902년 펩시콜라(Pepsi-Cola Company)를 법인으로 설립하였다.
1922년 구조개편을 거쳐 더펩시콜라컴퍼니(The Pepsi-Cola Company)로 새롭게 조직되었다. 1923년 이 회사도 파산하였고 상표 및 자산은 펩시콜라코퍼레이션(Pepsi-Cola Corporation)에 매각되었다. 이 회사는 1928년 내셔널펩시콜라(National Pepsi-Cola Corporation)로 바뀌었다.
1931년 내셔널펩시콜라도 파산하여 상표와 자산은 현대 펩시콜라의 진정한 설립자라 할 수 있는 찰스 G. 거스에게로 넘어갔다. 새로 펩시콜라를 설립한 거스는 공장을 증설하고 5센트짜리 12온스 병을 발매하여 커다란 성공을 거두었다.
1941년 로프트와 합병하면서 로프트의 이름이 펩시콜라로 바뀌었다. 1950년 코카콜라의 부사장을 역임한 앨프리드 N. 스틸이 최고 경영자가 되었다. 그는 광고와 판촉을 강조하였고 1950년대 펩시콜라의 순수입을 11배나 증대시켰다. 그후 청량음료 시장뿐 아니라 다각적인 사업을 전개하기 시작하였다.
1965년 프리토레이(Frito-Lay, Inc)와 합병한 뒤 현재의 이름으로 회사명을 바꾸었다. 그후 피자헛(Pizza Hut, Inc.:1977), 태코벨(Taco Bell Inc.:1978), 세븐업인터내셔널(Seven-Up International:1986), 켄터키프라이드치킨(Kentucky Fried Chicken Corp.:1986:지금의 케이에프씨)을 각각 인수하였다.
2000년 현재 총자산 188억 3900만 달러, 매출액 204억 3800만 달러이며, 본사는 뉴욕주 퍼처스에 있다.
